W Wojewódzkim Inspektoracie Ochrony Środowiska w Poznaniu od 21 grudnia 2006 roku funkcjonuje i jest stale doskonalony System Zarządzania Jakością wg normy PN-EN ISO 9001:2015-10 oraz kontrola zarządcza na podstawie Ustawy z dnia 27 sierpnia 2009 r. o finansach publicznych (tekst jednolity Dz.U. 2021 poz. 305, z późn. zm.).
Kontrola zarządcza jest realizowana w oparciu o Standardy kontroli zarządczej wprowadzone Komunikatem Nr 23 Ministra Finansów z dnia 16 grudnia 2009 roku w sprawie standardów kontroli zarządczej (Dz. Urz. Min. Fin. Nr 15, poz. 84) oraz z uwzględnieniem Komunikatu Ministra Klimatu i Środowiska z dnia 23 lutego 2021 roku w sprawie szczegółowych wytycznych w zakresie kontroli zarządczej dla działów administracji rządowej – energia, klimat i środowisko (Dz. Urz. Min. KiS z 23 lutego 2021 r., Poz. 20).
Kontrola zarządcza wraz z systemem zarządzania jakością wg normy PN-EN ISO 9001:2015-10 tworzą zintegrowany System Zarządzania, którego opis jest zawarty w Księdze Zarządzania. Spełnienie wymagań określonych w Księdze Zarządzania weryfikowane jest podczas corocznych auiditów wewnętrznych oraz przeglądów zarządzania, w wyniku których WIOŚ Poznań podejmuje działania mające na celu ciągłe doskonalenie Systemu Zarządzania.