W Wojewódzkim Inspektoracie Ochrony Środowiska w Poznaniu od 21 grudnia 2006 roku funkcjonuje i jest stale doskonalony System Zarządzania Jakością wg normy PN-EN ISO 9001:2015-10.
Potwierdzeniem spełniania wymagań tej normy w zakresie skutecznej i efektywnej działalności na rzecz ochrony środowiska wynikającej z zadań statutowych  jest certyfikat Nr 506/2006.
Jednostką certyfikującą jest Polska Izba Handlu Zagranicznego Certyfikacja Sp. z o.o. z Gdyni, akredytowana przez  Polskie Centrum Akredytacji certyfikatem Nr AC 070.
31 sierpnia 2018 roku. został przeprowadzony przez PIHZ Certyfikacja audit zewnętrzny, który potwierdził zgodność z normą PN-EN ISO 9001:2015-10.
26 i 27 marca 2019 roku odbył się audit odnowieniowy, w wyniku którego WIOŚ w Poznaniu otrzymał Certyfikat potwierdzający spełnianie wymagań obowiązującego wydania normy ISO 9001. Certyfikat ten jest ważny do 29 marca 2022 roku.
W WIOŚ w Poznaniu funkcjonuje i jest doskonalona kontrola zarządcza na podstawie Ustawy z dnia 27 sierpnia 2009 r. o finansach publicznych (tekst jednolity Dz.U. 2021 poz. 305, z późn. zm.).
Kontrola zarządcza jest realizowana w oparciu o Standardy kontroli zarządczej wprowadzone Komunikatem Nr 23 Ministra Finansów z dnia 16 grudnia 2009 roku w sprawie standardów kontroli  zarządczej  (Dz. Urz. Min. Fin. Nr 15, poz. 84) oraz z uwzględnieniem Komunikatu Ministra Klimatu i Środowiska z dnia 23 lutego 2021 roku w sprawie szczegółowych wytycznych w zakresie kontroli zarządczej dla działów administracji rządowej – energia, klimat i środowisko (Dz. Urz. Min. KiS z 23 lutego 2021 r., Poz. 20).
Kontrola zarządcza od 23 lipca 2018 roku tworzy wraz z systemem zarządzania jakością połączony System Zarządzania, którego opis jest zawarty w Księdze Zarządzania.
Księga Zarządzania  zastąpiła dwa dotychczas stosowane dokumenty – Księgę Jakości wg normy ISO 9001 i Regulamin kontroli zarządczej.
Obecnie funkcjonuje wydanie B Księgi Zarządzania z 31 grudnia 2019 roku, ze zmianami wprowadzonymi: 11.05.2020, 13.08.2021 i 01.09.2021.
System Zarządzania poddawany jest corocznym przeglądom oraz auditom zewnętrznym, w tym co trzy lata auditowi odnowieniowemu, który przedłuża ważność certyfikatu ISO 9001 o taki sam okres. Ostatni audit zewnętrzny został przeprowadzony w trybie zdalnym od 19 marca do 28 kwietnia 2021 roku i zakończył się wynikiem pozytywnym, bez stwierdzenia niezgodności i bez spostrzeżeń do doskonalenia.